Sesja rTMS trwa 30-40 minut. Polega na przyłożeniu głowicy do odpowiedniego punktu stymulacji na głowie pacjenta. Stymulacja jest bezbolesna. W rzadkich przypadkach chorzy zgłaszają uczucie niewielkiego dyskomfortu w trakcie jej wykonywania. Liczba i częstotliwość zabiegów jest ustalana indywidualnie w trakcie konsultacji lekarskiej.
rTMS jest bezpieczną i dobrze tolerowaną metodą leczniczą. Głównym przeciwwskazaniem do jej zastosowania jest padaczka ze względu na ryzyko indukcji napadu drgawek.